Морфометрические и гидрологические особенности ложбинных озер делают их особенно ранимыми при условии интенсивного антропогенного воздействия, связанного с поступлением биогенных веществ, особенно фосфора, с сельскохозяйственных объектов и пахотных территорий. Катастрофически быстро озера в таких условиях «стареют», в системе нарушается процесс самоочищения, изменяется газовый и гидрохимический режим, увеличивается первичная продукция, появляются признаки антропогенного эвтрофирования и загрязнения. Озера теряют невосполнимые условия обитания в них реликтовых организмов флоры и фауны.